Rada může jako své odborné a poradní orgány zřídit komise a jmenovat a odvolávat jejich členy. Komise se skládají z předsedy, místopředsedy a dalších členů, každý z členů AKČR je v komisi zastoupen jedním zástupcem.
Komise Rady Asociace krajů jsou:
Grémium ředitelů krajských úřadů – předsedkyně Mgr. Martina Vránová, ředitelka Krajského úřadu Karlovarského krajeKomise Rady AKČR pro veřejnou správu a legislativu – předseda JUDr. Martin Netolický, Ph.D., hejtman Pardubického krajeKomise Rady AKČR pro IT ve veřejné správě a chytré regiony – předsedkyně Mgr. Petra Pecková, hejtmanka Středočeského krajeKomise Rady AKČR pro životní prostředí a energetiku – předseda MUDr. Martin Kuba, hejtman Jihočeského krajeKomise Rady AKČR pro zemědělství a venkov – předseda Ing. Jan Suchánek, hejtman Olomouckého krajeKomise Rady AKČR pro regionální rozvoj – předseda Mgr. Jan Grolich, hejtman Jihomoravského krajeKomise Rady AKČR pro dopravu – předseda Martin Půta, hejtman Libereckého krajeKomise Rady AKČR pro financování a majetek krajů – předseda Ing. Jan Schiller, hejtman Ústeckého krajeKomise Rady AKČR pro školství a sport – předsedkyně Mgr. Petra Pecková, hejtmanka Středočeského krajeKomise Rady AKČR pro sociální věci – předseda Mgr. Vítězslav Schrek, MBA, hejtman Kraje VysočinaKomise Rady AKČR pro zdravotnictví – předseda Rudolf Špoták, hejtman Plzeňského krajeKomise Rady AKČR pro bezpečnost – předseda Mgr. Martin Červíček, hejtman Královehradeckého krajeKomise Rady AKČR pro cestovní ruch – předseda Ing. Radim Holiš, hejtman Zlínského krajeKomise Rady AKČR pro kulturu a památkovou péči – předseda Ing. Petr Kulhánek, hejtman Karlovarského kraje